磐陀庵在息耒禅院以西梅岑山下，此地古称“清净镜”，为明代创建，入口照壁有明代董其昌手迹“磐陀庵”三字。庵的布局以中轴对称四合院为主，另加东侧旁院，构成规整的长方形平面。主轴线上自南至北依次为：放生池、前殿、正殿。入口在放生池东侧。入门下石阶十余级，即为题有“磐陀庵”的照壁。
第二道门在照壁西侧，入门为一小院，再向西入第三道门，豁然开朗，放生池广三亩余，呈半圆形，池边围以石栏，古朴苍拙，院内古樟蔽日，清幽恬静。前殿三间或称庵门，通面阔14.00米，通进深8.40米，带后廊，廊檐高4.50米。正院宽17.60米，深9.00米。正殿(圆通殿)三间，平面正方形，通面阔及通进深均为14．00米，前后廊，上做轩，额枋上有装饰性斗棋，下有龙纹雀替，雕刻精细。檐高4.50米，台基高0.30米，脊高10.20米，青瓦硬山顶。左右两厢为二层楼阁。东侧旁院为僧房，原无对外出入口，只能从正院东边门进入，后在大门入口小院中开一门，作为旁院的对外出入口，造型及位置皆自然谐调。
